इस फ़ैसले के विरोध में ख़ुद को भारतीय हैकर्स का ग्रुप कहने वाले एक ग्रुप ने पाकिस्तान की 30 से ज़्यादा सरकारी वेबसाइट हैक कर डाली. इन्होंने इन सभी जगहों पर लिखा, ‘कुलभूषण जाधव के ख़िलाफ़ सभी आरोप झूठे और बेबुनियाद हैं. उसके खिलाफ तुम्हारे पास कोई सुबूत नहीं हैं. ये जानबूझकर की गयी हत्या है. पहले सरबजीत, अब कुलभूषण.’

इसके विरोध में पाकिस्तान के एक हैकर ग्रुप ने भारत की कई टॉप यूनिवर्सिटी की वेबसाइट्स हैक डाली, जिनमें IIT दिल्ली, IIT BHU और अलीगढ़ मुस्लिम यूनिवर्सिटी की वेबसाइट भी थी. अलीगढ़ की साइट पर लिखा हुआ था:

‘जानते हो तुम्हारे बहादुर जवान कश्मीर में क्या कर रहे हैं? जानते हो वो कितने निर्दोष लोगों को मार रहे हैं. जानते हो, वो कितनी लड़कियों का रेप कर चुके हैं? जानते हो वो कितनी लड़कियों का रेप कर रहे हैं? तुम्हें कैसा लगेगा, जब तुम्हारे मां-बाप, भाई-बहन को कोई मार डाले? तुम्हारा परिवार तबाह कर दे?’

इस ख़बर के फैलते ही सभी सरकारी दफ़्तरों में IT टीम हरकत में आ गयी और Cyber Cell इस मामले पर छानबीन में जुट गया.

भारत-पाकिस्तान के बीच चल रही सीमा-पार मुटभेड़, अब साइबर-वॉर के रूप में भी दिख रही है.